軍統和中統並稱國(guó)民（mín）黨（dǎng）兩大特務組織，是在抗日戰爭時期，為了提高工作效率，增強抗戰力量，而決定成立的。那麼軍統和中統有什麼區別呢？
首先是主管上級單位不同。軍統直接隸屬於軍（jūn）事（shì）委（wěi ）員（yuán）會（huì），是軍隊編制，工作人員為現役軍人。而中統由國(guó)民（mín）黨（dǎng）中央黨部管理，是黨務機構，沒有軍階。其次是職責和分工不同。中統僅限於黨務調查、輿論控制和黨政機關的思想監控，軍統是用來監視、控制軍隊的部門，兼有諜戰、反特和敵後武裝等工作範疇。
最後是控制的勢力範圍不同。中統在各省各大城市的政府、黨部和警察局中，具有最大化的控制力，而軍統在野戰部隊、司令部和軍事機構中有絕對優勢。
