相同點：掃描電鏡和透射電鏡這兩種裝置都使用電子來獲取樣品的影象，它們的主要組成部分相同。不同點：1、利用的電子種類不同；2、觀察的影象不同；3、樣品製備要求不同；4、解析度及其條件不同；5、成像原理不同。從樣品內部結構獲得資訊，透射電鏡是最佳的選擇；從樣品表面資訊，掃描電鏡是首選。
透射電鏡：
全稱透射電子顯微鏡，是把經加速和聚集的電子束投射到非常薄的樣品上，電子與樣品中的原子碰撞而改變方向，從而產生立體角散射。散射角的大小與樣品的密度、厚度相關，因此可以形成明暗不同的影像，影像將在放大、聚焦後在成像器件上顯示出來。
掃描電鏡：
掃描電鏡是一種介於透射電鏡和光學顯微鏡之間的一種觀察手段。其利用聚焦的很窄的高能電子束來掃描樣品，通過光束與物質間的相互作用，來激發各種物理資訊，對這些資訊收集、放大、再成像以達到對物質微觀形貌表徵的目的。
此外，掃描電子顯微鏡和其他分析儀器相結合，可以做到觀察微觀形貌的同時進行物質微區成分分析。掃描電子顯微鏡在岩土、石墨、陶瓷及奈米材料等的研究上有廣泛應用。因此掃描電子顯微鏡在科學研究領域具有重大作用。
