保溫杯燜粥不利於身體吸收營養。開水的沸點是100度，而大米的熱熟點是120-150度，也就是說開水泡大米只是八成熟，雖然可以食用，但長時間食用未熟透食物，對身體還是有影響的，從營養學角度來說，未熟透的食物也不利於身體吸收。
保溫杯燜粥本身的營養大部分流失。蛋白質、無機鹽等營養素在烹調時的過程中，營養可能不會有很多的損失。但隨著加熱或保溫時間的變長，維生素B1一般可能會損掉一半甚至是更多。如果煮粥的時候，還會往裡面放鹼，那麼維生素B1可能也就流失得比較嚴重了。
保溫杯燜煮粥容易有細菌滋生。保溫杯中的溫度和溼度都剛剛好，很容易引起細菌的快速生長，從而引起胃腸道功能失調，腹瀉，腸胃炎疾病，所以說不建議在保溫杯裡面放置食物，尤其是長時間的放置熟食。所以使用保溫杯燜的粥要儘早吃掉。
使用保溫杯裝液體，也要注意：保溫杯不宜裝酸性飲品。不鏽鋼由於熔點較高，不會因高溫溶化釋出不良物質。但是不鏽鋼最怕強酸，如果長時間裝載酸性較強的飲品，很可能會對其內膽產生損傷。保溫杯不宜裝牛奶。一些人會把熱牛奶裝在保溫杯內，不過，這種做法卻讓牛奶中的微生物在適宜溫度下會迅速繁殖，導致腐敗。牛奶在高溫環境下，維生素等營養物質會被破壞。同時牛奶中的酸性物質還會與保溫杯內壁發生化學反應。無論是牛奶還是酸性果汁，最好都要在一定的時間內喝完。
