高能化合物有磷酸肌酸、三磷酸腺苷、氨甲醯磷酸、磷酸烯醇式丙酮酸、3-磷酸甘油酸、乙醯輔酶A等。其中三磷酸腺苷是各種活細胞內普遍存在的一種高能磷酸化合物，也是一種不穩定的高能化合物，由1分子腺嘌呤，1分子核糖和3分子磷酸基團組成。又稱腺苷三磷酸，簡稱ATP。
磷酸烯醇式丙酮酸：磷酸烯醇式丙酮酸是生物細胞中的常見生化分子，是糖解作用與糖質新生作用的中間產物。在糖解作用中，此分子是2-磷酸甘油酸在烯醇化酶。的催化下生成，是一個高能磷酸分子。
磷酸肌酸：磷酸肌酸是在肌肉或其他興奮性組織中的一種高能磷酸化合物，化學式為C4H10N3O5P，是高能磷酸基的暫時貯存形式。磷酸肌酸的主要活性成分是磷酸肌酸，磷酸肌酸擔當著補充腺苷三磷酸的能量儲備的作用。
氨甲醯磷酸：氨甲醯磷酸為高能磷酸化合物之一，由氨和二氧化碳消耗2分子的ATP形成的氨甲醯磷酸合成酶。它可把氨甲醯基轉移給尿素迴圈的鳥氨酸，形成瓜氨酸與磷酸。此外，與天冬氨酸反應可生成氨甲醯天冬氨酸。
