《火影忍者》中，自來也對戰佩恩是在350集到353集。最初自來也以為眼前的佩恩，就是預言中的變革者，做出“選擇”的時刻已經到了。為了打倒昔日親手調教出來的徒弟，自來也抱著某種覺悟展開了攻擊，他先運用通靈之術召喚出蛤蟆健來對抗同樣也使用通靈之術的佩恩，而佩恩因為擁有傳說中的輪迴眼，自來也決定發動仙人模式。
成功打敗了三個佩恩，結果由於大意以及不瞭解佩恩六道的相關情報，所以不幸被打敗而犧牲。但臨死前自己查出了佩恩六道及其本體的祕密。
自來也介紹
自來也是火之國木葉隱村的“三忍”之一，三代目火影猿飛日斬的弟子，四代目火影波風水門、長門、彌彥、小南、七代目火影漩渦鳴人的師父，被鳴人視為一生中最敬重的人。他指導鳴人修行，在鳴人成長的道路上起到重要作用。
鳴人為了不惜捨棄生命也要保護的東西，在自來也身邊拼命修行，最終努力得到了回報，學會了螺旋丸和通靈術。鳴人能有現在的成績，自來也功不可沒，因為是自來也教會了鳴人何為忍者，以及應當走怎樣的忍道，對鳴人而言，自來也亦師亦父。
