《火影忍者》中，自來也對戰佩恩是在349-353集。在這幾集中，最初自來也以為眼前的佩恩就是預言中的內變革者，做出“選擇”的時刻已經到了。為了打倒昔日親手調教出來的徒弟，自來也抱著某種覺悟展開了攻擊，他先運用通靈之術召喚出蛤蟆健來對抗同樣也使用通靈之術的佩恩，而佩恩因為擁有傳說中的輪迴眼，自來也決定發動仙人模式。
成功打敗了三個佩恩，結果由於大意以及不瞭解佩恩六道的相關情報，所以不幸被打敗而犧牲。但臨死前自己查出了佩恩六道及其本體的祕密。
自來也是火之國木葉隱村的“三忍”之一，三代目火影猿飛日斬的弟子，四代目火影波風水門、長門、彌彥、小南、七代目火影漩渦鳴人的師父，被鳴人視為一生中最敬重的人。他指導鳴人修行，在鳴人成長的道路上起到重要作用。後到雨忍村刺探情報，結果不幸死於“曉”首領佩恩之手。
《火影忍者》相關介紹
電視動畫《火影忍者》改編自日本漫畫家岸本齊史的同名漫畫，故事成功地將原本隱藏在黑暗中，用世界上最強大的毅力和最艱辛的努力去做最密不可宣和隱諱殘酷的事情的忍者，描繪成了太陽下最值得驕傲最光明無限的職業。
