斷開飲水機的電源，取下水桶，將飲水機裡殘留的水放乾淨。開啟卡桶的塑料蓋，往裡面倒入白醋水。插上飲水機電源，加熱四十分鐘左右，開啟水龍頭或排水口將其排出，再用同樣的方法倒入清水反覆加熱清潔即可。
不要用清潔劑來清洗飲水機，如果清洗不乾淨,清潔劑很可能會殘留在飲水機內。
用棉花蘸上酒精，輕輕的擦洗龍頭處的後壁和下方，因為用杯子盛水時，很容易碰到飲水機開關處的後壁和下方，所以不能只用抹布擦洗。
飲水機最髒的部位其實是位於衝瓶座下面的水膽，因為每次換水都會有水殘留在那裡，形成死水，成為滋生細菌的溫床。另外，在純淨水的加熱過程中，會有礦物質析出，在飲水機內膽形成垢壁。
除了一般的飲水機，淨水器是更大的藏汙納垢器，超過三個月不清洗遠比未經過淨化的自來水包含更多細菌。
