圓明園是第二次鴉片戰爭時期英法聯軍燒的。1860年，英法聯軍攻佔北京後，佔據圓明園。中國守軍寡不敵眾，圓明園總管大臣文豐投福海自盡，住在園內的常嬪受驚身亡。英國軍隊首領額爾金在英國首相帕麥斯頓的支援下，下令燒燬圓明園。
3500名英法聯軍衝入圓明園，縱火焚燒圓明園，大火三日不滅，圓明園及附近的清漪園、靜明園、靜宜園、暢春園及海淀鎮均被燒成一片廢墟，安佑宮中，近300名太監、宮女、工匠葬身火海。使這座世界名園化為一片廢墟。
圓明園被毀後，仍為皇家禁園。同治年間在慈禧太后的授意下，曾試圖擇要重修。當時擬修範圍為20餘處共3.000多間殿宇，主要集中在圓明園前朝區、後湖區和西部、北部一帶，以及萬春園宮門區、敷春堂口清夏堂等處。但開工不到10個月因財力枯竭被迫停修。
此後，慈禧太后雖然修了頤和園，但並未完全放棄修復圓明園，直至光緒二十二年至二十四年，還曾修葺過圓明園雙鶴齋、課農軒等景群。1900(光緒二十六年)年，八國聯軍入侵北京，慈禧太后挾光緒皇帝逃奔西安，京畿秩序大亂，八旗兵丁、土匪地痞即趁火打劫，把園內殘存及陸續基本修復的共約近百座建築物，皆拆搶一空，使圓明園的建築和古樹名木遭到徹底毀滅。
