常見的水生微生物：真菌、細菌、原生動物、噬菌體。水生微生物在生態系統中的地位非常重要，它們主要起到分解的作用。若沒有水生微生物，那麼動植物殘體、排洩物等無法迴圈，物質將被鎖在有機質中不能被生產者利用，會導致整個生態系統崩潰。
細菌、真菌，如：放線菌、腐生菌、原生動物。它們以不同的碳水化合物，包括糖、澱粉、有機酸、纖維素、半纖維素等作為能源。
細菌是重要的分解者，他們分佈很廣而且可以分解有機物，一公克的土壤通常包含4千萬個細菌細胞，而且地球上的細菌形成一種生物量，這種生物量是超過全部現存的植物和動物，細菌在滋養物的迴圈是重要的，而許多滋養物的迴圈是依靠生物。
不同於細菌，真菌是單細胞生物，大多腐生營養真菌會增加分歧網狀系統的菌絲。細菌的增生是被限制而且吃暴露在表面的有機物，真菌可以使用他們的菌絲去穿透較大的有機物質。
