《哥吉拉2：怪獸之王》主要講的是在哥吉拉與基多拉的王者之爭，三頭王者基多拉是哥吉拉的強勁對手，最終誰勝利誰就將統領怪獸世界的故事。
哥吉拉自第一部中擊敗穆托夫婦後一直沉寂在深海，而這個時候的世界已經大亂，來自外星的怪獸三頭巨龍基多拉以絕對的實力統治怪獸世界，這時候不得不將哥吉拉喚醒來對付惡龍基多拉，首戰南極哥吉拉不敵惡龍，二次海戰哥吉拉咬下基多拉一隻頭顱，但基多拉瞬間恢復頭顱。在最後一次惡戰中，哥吉拉被魔斯拉激化進入紅蓮狀態，哥吉拉不斷變大，其體積和力量都超過基多拉，最後殺死基多拉，哥吉拉稱霸怪獸世界。
