功能性滅絕是一個生物學術語，是指某個或某類生物在自然條件下，種群數量減少到無法維持繁衍的狀態；換言之，功能性滅絕指某物種在巨集觀上已經滅絕，但尚未確認最後的個體已經死亡的狀態。
功能性滅絕是物種滅絕的前兆，當一個物種停止繁殖後，最終滅絕只是時間問題。因此功能性滅絕的物種被稱作“殭屍物種”，其殘存的最後若干個體被稱作“活著的死者”，即無法產生後代而不可避免地使種群走向滅絕，甚至連其自身也無法維持生存。
導致物種功能性滅絕的因素包括但不限於：氣候或環境變化，自然或人為災害，飲食資源缺失，外來物種入侵，自身遺傳缺陷，疾病，人類捕殺，棲息地被人類侵佔、割裂、干擾、破壞、汙染等。
功能性滅絕的物種比一般的極危物種更接近滅絕，是介於極危和滅絕之間的“準滅絕”。相對於直接宣告某物種滅絕，功能性滅絕是一個更加客觀的描述，更能真實地反映某物種的現狀。較為知名的功能性滅絕物種有斑鱉、白鱀豚、北白犀和野生華南虎。但在人類的及時搶救下，也有成功挽回的例子，如歐洲野牛、麋鹿、亞洲獅、朱䴉等。
