因為它的東部少有淡水河流注入，而它的西部有伊犁河注入降低了這部分的鹽度，並且它東、西兩部分之間有個狹窄的水道使它們相連，導致兩邊的湖水沒有辦法充分混合。巴爾喀什湖奇特的特徵，那就是它的東、西兩個部分分別是鹹水湖和淡水湖，東部因少有淡水河流注入，導致它鹽度高，而它的西部則有伊犁河注入淡水。
巴爾喀什湖是哈薩克東南部的一個內陸湖，這個湖平均的水深為六米，湖的面積有近兩萬平方千米，且湖的東西距離長達605千米，是世界第四長的湖。巴爾喀什湖流域地形東南高而西北低，東部和南部是天山山系的阿拉套山、婆羅科努山、依連哈比爾尕山、哈爾克山、克特綿山、昆格阿拉套山和外伊犁山，西南部是楚伊犁山，西部地形較低，是別特帕克達拉草原，北方則為哈薩克丘陵，中央是衝洪積、湖沼平原和沙漠，流域最高為汗騰汗格里峰。
巴爾喀什湖是鹹水湖還是淡水湖
是鹹水湖,因為它是一個內流湖，淡水區域只有汛期的時候才會有,且在流入湖泊的入口的一點。巴爾喀什湖所在的中亞地區，深居內陸降水較少，年蒸發量較大，多分佈鹹水湖，所以實際上巴爾喀什湖本來應該是一個典型的鹹水湖。
巴爾喀什湖是內流湖還是外流湖
巴爾喀什湖位於亞歐大陸內部,深居內陸,屬溫帶大陸性氣候,蒸發量大於降水量,是一個內流湖。巴爾喀什湖為漢代以來古代中國西北邊境的天然分割線，中國古稱夷播海，歷朝歷代中國西北民族活動的地方，曾是中國與俄國的界湖。
