唐朝時期，我國出現了玄奘和鑑真兩個有名的聖僧，他們一個西行一個東渡，為佛學的傳播做出了卓越的貢獻。玄奘生前在陝西大慈恩寺修行，而揚州的大明寺也因為有了鑑真而聞名天下。
大明寺始建於南朝宋孝武帝大明年間。隋朝時期，皇帝楊堅下詔於全國建塔30座供養佛骨，大明寺建“棲靈塔”，所以大明寺又稱“棲靈寺”。唐朝時期，大明寺被大火焚燬，經過僧人的修復，這裡仍然比較荒廢。後來，北宋歐陽修和明代吳秀都紛紛修整重建大明寺，乾隆也下江南時將寺院改題為“法淨寺”。新中國成立後，為紀念鑑真和尚逝世1200週年以及迎接鑑真和尚像回國巡展，寺院進行全面翻修，並沿用最初的名字大明寺。
