河豚在海水和淡水中都能生活，所以在海里也還是同樣叫河豚。河豚生活在北緯45度至南緯45度之間的海水、淡水等水域。河豚之所以能生活在海里，是因為它有洄游習性，因此在海水和淡水中都能生活。剛出生的幼魚在江河或通江的湖泊中生活，到了翌年春才回到海里，在海里長大至性成熟後再復進入江河產卵。
秋季水溫下降，開始降河，和其它種類一樣遊向深海區，12月初返回深海區越冬。當年出生的幼魚在江河或通江的湖泊中生活，到翌年春才回到海里，在海里長大至性成熟後再復進入江河產卵。進入長江的河魨於4～6月，在中游江段或洞庭湖、鄱陽湖中產卵。
河魨的毒素主要分佈於卵巢和肝臟，其次是腎臟、血液、眼睛、鰓和面板；而精巢和肌肉是無毒的。如果魚死後較久，內臟毒素溶入體液中便能逐漸滲入肌肉內。其毒素的毒量多少，常因季節的不同而有變異。
每年2～5月為卵巢發育期，毒性較強；6～7月產卵後，卵巢退化，毒性減弱。肝臟也以春季產卵期毒性最強。所以，每當春末夏初鮮食河魨魚時，應特別謹慎，必須選擇鮮活魚體，嚴格去除內臟，以免中毒。
