1、稱號不同，“太祖”是廟號，“高祖”是諡號+廟號。2、親屬稱謂不同，“太祖”指的是先祖，而“高祖”則指曾祖的父親。3、含義不同，“太祖”還可指事物的原始，而“高祖”並沒有這個意思。4、太祖作為帝王廟號使用，多為創基立業者，常見於開國皇帝，也有為其先人追授者。 高祖多為開國之君的廟號。
高祖是古代帝王的廟號，著名人物有北魏高祖元巨集、隋高祖楊堅、唐高祖李淵等。
太祖也是皇帝廟號。多用以稱開國君主，如漢太祖、宋太祖、明太祖。也可以用來表示事物的原始，出自《文子·道原》：“夫無形者，物之太祖。”
在宗廟制度裡，“太祖”是有特殊含義的，所謂天子七廟，最流行的學說就是“一祖二宗四親廟”。這個“一祖”，指的是始祖，即所謂始受封者，就是第一個接受分封的人。
