哲學三大方法論是辯證唯物論、認識論、聯絡觀。辯證唯物論是關於世界的物質性學說、關於物質和意識的辯證關係學說，它採用辯證法的觀點研究世界的本質，所要說明的是世界的本質“是什麼”和世界的組成“有什麼”的問題。認識的本質，是主體在實踐基礎上或通過實踐對客體的能動的、創造性的反映。認識是主體和客體相互作用的過程和結果。
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方法論在不同層次上有哲學方法論、一般科學方法論、具體科學方法論之分。科學方法論，包括培根闡述的實驗方法與歸納邏輯、笛卡兒論述的數學方法與演繹邏輯，以及貝塔郎菲的一般系統論方法與中國曾邦哲的系統邏輯《結構論》。
關於認識世界、改造世界、探索實現主觀世界與客觀世界相一致的最一般的方法理論是哲學方法論；研究各門具體學科，帶有一定普遍意義，適用於許多有關領域的方法理論是一般科學方法論；研究某一具體學科，涉及某一具體領域的方法理論是具體科學方法論。
三者之間的關係是互相依存、互相影響、互相補充的對立統一關係；而哲學方法論在一定意義上說帶有決定性作用，它是各門科學方法論的概括和總結，是最一般的方法論，對一般科學方法論、具體科學方法論有著指導意義。
